Die sechste Staffel startet mit einer Wiederholung der letzten Minuten der fünften Staffel. Mit der Explosion der Wasserstoffbombe gibt es für Sawyer, Hurley, Miles, Jack, Kate, Juliet, Jin und Sayid auf der Insel einen erneuten Zeitsprung ins Jahr 2007, sodass sich nun wieder alle Charaktere in der gleichen Zeitebene befinden. Gleichzeitig wird mittels der von offizieller Seite sogenannten „Flash-Sideways“ eine Nebenhandlung eingeführt, deren Ereignisse während eines alternativen, jedoch nicht abgestürzten, Oceanic-Fluges 815 einsetzen.