Die dritte Staffel beschäftigt sich verstärkt mit dem Verhältnis der Überlebenden zu den Anderen. In der zweiten Hälfte gibt es zudem die ersten Kontakte der Überlebenden zur Außenwelt. Der in der zweiten Staffel als Henry Gale vorgestellte Charakter entpuppt sich dabei als Benjamin „Ben“ Linus, der Anführer jener Anderen. Anfangs werden die entführten Jack, Sawyer und Kate auf einer kleinen Insel, genannt „Hydra“, vor der Küste der Hauptinsel von den Anderen festgehalten. Jack soll Ben einen Tumor aus dem Rücken operieren, wobei Kate und Sawyer als Druckmittel eingesetzt werden. Juliet Burke, eine der Anderen, von der sich später herausstellt, dass auch sie von Ben gegen ihren Willen auf der Insel festgehalten wird, baut ein Vertrauensverhältnis zu Jack auf und versucht ihn dazu zu bewegen, Ben während der Operation sterben zu lassen. Tatsächlich willigt Jack schließlich in die Operation ein. Um die Freilassung von Kate und Sawyer zu erzwingen, verletzt er Ben absichtlich mit einem lebensbedrohlichen Schnitt an der Niere. Mit Hilfe von Alex, der Tochter von Danielle Rousseau, gelingt den beiden die Flucht zurück zur Hauptinsel. Nach dem Abschluss der Operation kehren auch die Anderen gemeinsam mit Jack dorthin zurück. In der Zwischenzeit erfährt der Zuschauer, dass Locke, Mr. Eko, Charlie und Desmond die Implosion der Schwan-Station am Ende der zweiten Staffel überlebt haben. Während Mr. Eko kurz darauf dennoch von dem Rauchmonster getötet wird, hat Locke infolge einer selbst herbeigeführten Vision seinen Glauben an die Insel wieder gewonnen. Die größten Auswirkungen hatte die elektromagnetische Entladung jedoch auf Desmond. Dieser wird wiederholt von Visionen zukünftiger Ereignisse heimgesucht, die fast alle den gewaltsamen Tod Charlies in verschiedenen Situationen zum Inhalt haben, was Desmond zunächst jedes Mal erfolgreich verhindern kann. Währenddessen erfährt der Zuschauer, dass Claire die Halbschwester Jacks ist. Nachdem Kate und Sawyer ins Lager der Überlebenden zurückkehren, bricht Kate abermals auf, um gemeinsam mit Locke, Sayid und Rousseau den nach wie vor gefangen gehaltenen Jack aus der Gewalt der Anderen zu befreien. Es stellt sich heraus, dass Jack und Juliet einen Handel mit Ben eingegangen sind, der es ihnen erlaubt, die Insel zu verlassen. Das wird jedoch dadurch verhindert, dass Locke das U-Boot der Anderen, mit dem sie sich zwischen der Außenwelt und der Insel frei bewegen, in die Luft sprengt. Daraufhin verlassen Ben und die übrigen Anderen gemeinsam mit Locke ihr Dorf, während Kate und Sayid gemeinsam mit Jack und Juliet zu ihrem Strandlager zurückkehren. Juliet handelt dabei zunächst erneut im Auftrag Bens. Sie soll die Überlebenden infiltrieren und einen Überraschungsangriff der Anderen vorbereiten. In der Zwischenzeit finden Desmond, Hurley, Jin und Charlie im Dschungel eine abgestürzte Hubschrauberpilotin namens Naomi, die vorgibt, im Auftrag von Penny Widmore nach Desmond zu suchen. Zudem gibt Naomi vor, dass das Wrack von Oceanic-Flug 815 an einem völlig anderen Ort gefunden und alle Insassen für tot erklärt worden seien. Von Naomi erhalten die Überlebenden ein Satellitentelefon, doch aufgrund eines von den Anderen eingesetzten Störsignals ist es ihnen zunächst nicht möglich, Kontakt mit dem Frachter, von dem Naomis Hubschrauber gestartet ist, aufzunehmen. Ben weiht Locke derweil in die Geheimnisse der Insel ein und stellt ihm in einer einsamen Hütte mitten im Wald den ominösen Wohltäter der Anderen, einen gewissen Jacob, vor. Da Locke diesen jedoch weder sehen noch hören kann, will er die Hütte verärgert wieder verlassen, woraufhin ihn eine ächzende Stimme augenscheinlich um Hilfe bittet. Für den Zuschauer ist zudem für einen kurzen Moment eine menschliche Silhouette zu sehen. Locke verlässt die Hütte schließlich wieder und wirft Ben ein Täuschungsmanöver vor. Die Tatsache, dass Locke Jacob tatsächlich hören konnte, erzürnt Ben, welcher Locke daraufhin im Dschungel anschießt und zurücklässt. Juliet hat Jack derweil enthüllt, dass sie im Auftrag Bens handelt, ist jedoch nunmehr entschlossen, die Seiten zu wechseln und entwickelt gemeinsam mit Jack und Rousseau einen Plan, um die Anderen, die ihr Lager überfallen sollen, in einen Hinterhalt zu locken und zu töten, was ihnen letztendlich auch gelingt. Gleichzeitig gelingt es Charlie mit der Hilfe von Desmond, das Störsignal der Anderen, das von der Unterwasserstation Der Spiegel ausgesendet wird, vor Ort auszuschalten. Charlie nimmt per Funk Kontakt mit Desmonds Freundin Penny auf, wobei er erfährt, dass Naomi und ihre Gruppe nicht in ihrem Auftrag handeln. Die Unterwasserstation droht zu überfluten und Charlie schließt die Tür des Kontrollraumes, um Desmond zu retten. Als warnenden Hinweis an seine Kameraden schreibt Charlie die Worte „Nicht Pennys Schiff“ in seine Hand und zeigt sie Desmond kurz durch das Bullauge der schalldichten Tür. Schließlich ertrinkt Charlie in dem sich mit Wasser füllenden Raum, so wie es Desmond vorhergesehen hat. Währenddessen versucht Ben die Überlebenden davon zu überzeugen, dass die Leute an Bord von Naomis Frachter keine freundlichen Absichten verfolgen. Auch Locke, der überraschend auftaucht und kurzerhand Naomi schwer verletzt, redet vergeblich auf Jack ein. Jack ignoriert jedoch die Warnungen und nimmt mit dem Satellitentelefon Kontakt zum Frachter auf, nachdem das Funksignal von Rousseau abgeschaltet wurde. Per Funk sichert ihm ein Angehöriger der Schiffscrew zu, Hilfe zu entsenden. Die Überlebenden wähnen sich gerettet. Die dritte Staffel endet erstmalig mit einem Ausblick in die Zukunft: In einer Sequenz, die dem Zuschauer zunächst den Eindruck zu vermitteln versucht, es handle sich dabei um eine weitere Rückblende, hadert ein alkohol- und tablettensüchtiger Jack mit seinem Leben, in dem er jeglichen Halt verloren hat. Erst am Ende der Episode, als Jack sich mit Kate trifft, wird klar, dass die betreffenden Szenen nach der (in der Serie bis dahin nicht gezeigten) Rückkehr der beiden in die Vereinigten Staaten spielen. Vergeblich versucht ein verzweifelter Jack, Kate davon zu überzeugen, auf die Insel zurückzukehren. Es sei ihnen nicht bestimmt gewesen, das Eiland zu verlassen.